ב-1986 עלה מלכיאור לארץ עם משפחתו, והירבה לנוע בקו ירושלים-אוסלו, שם המשיך לכהן כרב ראשי. בישראל מונה לרב של קהילת שכונת תלפיות בירושלים.
במקביל, הרבה לפעול במסגרת ארגונים ועמותות, העוסקים בחינוך, בקליטה ובהידברות. כמו כן מ-1990 מכהן מלכיאור כמנהל הבינלאומי של קרן אלי ויזל, העורכת פעיליות הסברה נגד גזענות.