היחידה המסווגת רפאים מתחילה לראשונה לצאת לפעילות מבצעית מיוחדת בגזרות השונות. בשלב זה המשימות של יחידה 888 ממוקדות ביהודה ושומרון, ובהמשך הן צפויות להתרחב - ולעבור גם לגזרה הצפונית והדרומית, בדגש על רצועת עזה.
מפקד היחידה, אל"ם בן חיים, קבע בכניסתו לתפקיד כי עליו להרחיב את השפעת היחידה בפיתוח טכנולוגיות ושיטות לחימה מתקדמות. בשל כך הוחליט כי היחידה תפעל לא רק באמצעות תרגילים והתנסויות בשטח, אלא דרך פעילות מבצעית מיוחדת בגזרות. הנחת העבודה של אל"ם בן חיים היא שצוותי הלוחמים של היחידה יישארו במשימות שרק הם יכולים למלא - פעולות חשיפת האויב החבוי.
ללוחמי יחידת הרפאים יש יכולת לחשוף מסתורים גם דרך מבנים, צמחיה, מכשול אזרחי, תנאים טופוגרפיים מורכבים ואף בונקרים תת קרקעיים. לאחר פעולות החשיפה, הלוחמים מבצעים איסוף מודיעין, ובמצב חירום או מלחמה הם מוכנים גם לתקוף.
היחידה פעלה במשימות נקודתיות במבצע שומר החומות בחודש מאי האחרון, ופעילותה צפויה לגדול באופן משמעותי. היחידה לא מבצעת מעצרים ופעילויות שגרה אלא משתמשת בטכנולוגיות מתקדמות כדי לבצע משימות מיוחדות.
יחידת רפאים (הרב-מימדית) הוקמה בשנת 2019 כחלק מחזון הרמטכ"ל אביב כוכבי לפיתוח יכולות לחימה מסווגות, וייעודה פיתוח שיטות וטכנולוגיות לתמרון קרקעי, המשלבות יכולות מתקדמות ומגוונות בתחום המודיעין והאש, בסיוע חיל האוויר.
אחרי שהסתיים שלב ההקמה, שכלל גיוס לוחמים וקצינים מצטיינים ובעלי ניסיון מבצעי ששירתו בסיירות ויחידות עילית אחרות כולל מחיל האוויר, החלה לראשונה היחידה המסווגת לגייס בחודשי הקיץ האחרונים טירונים למסלול לוחם ביחידה. בין האמצעים שמפעילה "רפאים" ניתן למנות רחפנים וכלי טיס זעירים מסוגים שונים, יכולות תקשורת מוצפנות מהמסווגות שיש לצה"ל, מערכות שליטה ובקרה ועוד.
בזמן מלחמה תקבל על עצמה היחידה משימות מורכבות לאיתור וחשיפת אויב, בדגש על לוחמי העילית של חיזבאללה בתנאי שטח מורכבים בעומק שטח לבנון.