בצה"ל ערכו תחקיר ראשוני של הרג המפגין שלשום (חמישי) ביריחו, בעת מעצרו. מהתחקיר עולה כי בפעילות גדוד מעורב התפתחה הפרת סדר של כ-50 פלסטינים. במהלך האירוע, כך נמסר מצה"ל, רץ עומר אל-סראדיח, בן 31, עם מוט ברזל בידו לעבר החיילים, שירו לעברו אך ככל הנראה לא פגעו. לאחר מכן הפעילו כוח על מנת לעצרו, והוא ניסה לאחוז ולחטוף את נשקו של אחד החיילים.
בהמשך החיילים עצרו את המחבל ואזקו אותו, והוא נבדק על ידי חובשת שקבעה שמצבו תקין. הכוח המשיך להשתמש באמצעים לפיזור הפגנות לכיוון הפרת הסדר בסמוך למקום בו הוחזק העצור, ונראה שהוא נחשף לגז שייתכן שאף גרם למותו, כך מעריכים בצבא. מצבו הידרדר והוא טופל על ידי כוח צה"ל, שקבע את מותו. בחיפוש התברר כי נשא על גופו סכין. חקירת מצ"ח נפתחה ובמסגרתה ייבחנו נסיבות מותו ותבוצע נתיחה בגופתו.
לפי דיווח פלסטיני בסוכנות הידיעות "ווטניה", משפחת ההרוג אמרה למועדון האסיר הפלסטיני כי בנה נעצר והוכה, וכי לפני כן היה בריא ולא סבל מאף מחלה. בתיעוד שהופץ בכלי התקשורת הפלסטיניים נראה העצור רץ באחת מסמטאות העיר, כשבידו מוט ברזל. בשלב מסוים, החיילים שהסתתרו מאחורי עמודי הסמטה הפתיעו אותו ונאבקו בו.
גיסו של אל-סראדיח, אסמעיל אל מסרי, אמר לסוכנות וופא כי מספר גדול של חיילים היכו אותו כשהתקרב לבית דודו שכוח צה"ל פשט עליו. לדברי אל מסרי, החיילים היכו אותו בכל חלקי גופו ובמיוחד באזור הבטן והגב ולאחר מכן עצרו אותו. אחיו של אל-סראדיח אמר כי "החיילים היכו אותו מול התושבים וכי היה בחור בריא". שר האסירים עיסא קראקע אמר כי "אנו נוקטים הליכים משפטיים כדי להשתתף בניתוח הגופה בנוכחות רופא פלסטיני".