מפקדי יחידות עילית הביעו חשש ממעורבות של חייליהם בפעילות האבטחה בבירה. זאת, לאחר שנודע כי חיילים מיחידה מובחרת הם שהרגו על פי החשד את שמחה חדדטוב, היהודי שנורה למוות בירושלים לאחר שנחשד כמחבל. לטענתם, לוחמי יחידות מובחרות אינם כשירים לפעולה מול אזרחים, ובמיוחד לא למשימת אבטחת האוטובוסים.
אחד המפקדים הסביר את המקור לחששות, והדגיש כי גם על המפקדים הבכירים מוטלת האחריות לקחת בחשבון את הסיכונים הכרוכים בשיתוף יחידות העילית במשימה. "נהלי הפתיחה באש ברורים לחיילים, אבל עדיין מדובר בעיסוק מול אזרחים והרגישות של התקופה יכולה לסבך אותם", אמר המפקד. לדבריו, "אי-הבנה אחת עלולה להביא לתוצאה מסוכנת. האחריות היא על החייל, אבל גם על המפקדים הבכירים שצריכים לחשוב היכן להציב אותו וכיצד להנחות אותו לפעול". יש לציין כי מתחקיר ראשוני עולה כי הלוחמים פעלו בצורה טובה לאור הנסיבות שנוצרו סביב האוטובוס.
300 חיילי צה"ל, בהם לוחמי יחידות עילית, צוערי בה"ד 1 ולוחמי חי"ר החלו לתגבר את כוחות המשטרה ביום ראשון השבוע. מטרת המהלך היא הגברת תחושת הביטחון של האזרחים, והרתעת מחבלים מלבצע פיגועים. עם זאת, כאמור, ככל שחלף הזמן, התגברה הדאגה בקרב מפקדי יחידות העילית על התפקוד של כוחותיהם מול האזרחים.
סוגיית הפעלת כוחות צה"ל מובחרים מול אוכלוסייה אזרחית, עלתה לשיח הציבורי לאחר שלוחם יחידת אגוז נקלע לתקרית מביכה בנבי-סלאח. הלוחם התעמת עם ילדים ונשים שהיכו אותו וקרעו מפניו את מסיכת הסקי שחבש, שנועדה להסתיר את פניו. קצין בכיר בגזרת פיקוד מרכז אמר בתגובה לאירוע, כי "נכון היה להפעיל אחרת את הלוחם מאגוז, ולמקם אותו כך שיהיה לו יתרון יחסי".
ביום רביעי ירו למוות על פי החשד שני לוחמי יחידה מובחרת בשמחה חודדטוב, גבר יהודי שנחשד כמחבל, ברחוב ירמיהו בשכונת רוממה. ככל הנראה, התפתח ויכוח בין השלושה, שבמהלכו ההרוג תקף את החיילים ואף ניסה לחטוף את נשקו של אחד מהם. נהג האוטובוס שהבחין במתרחש ניסה לסייע לחיילים בהשתלטות עליו תוך שימוש בשוקר חשמלי. למרות זאת, חודדטוב המשיך לכאורה בניסיונו לחטוף את הנשק מהחייל תוך שקרא "אני דאעש". בסופו של העימות ירו בו החיילים והרגו אותו. בעקבות התקרית נפתחה חקירת מצ"ח.