מנהל התברואה הארצי ברכבת ישראל, אלי כהן, הוא החשוד המרכזי בפרשת השחיתות כך הותר לפרסום אחר הצהריים (שלישי). בית משפט השלום בראשון לציון נענה באופן חלקי לבקשת המשטרה והאריך את מעצרו של כהן בשמונה ימים. הוא חשוד בזיוף, רישום כוזב במסמכי תאגיד, קבלת שוחד וקבלת דבר במרמה.
במהלך הדיון בהארכת מעצרו, טען סנגורו של כהן, עו"ד יוגב נרקיס, כי בקשת המשטרה להאריך את המעצר בעשרה ימים מופרזת. "יש לא מעט פעולות לבצע", הסביר עורך הדין והוסיף כי כהן לא הספיק להיחקר באופן מלא. "הוא ישמח להיחקר", הבהיר. בשעה זו נמשך הדיון בהארכת מעצרם של מעורבים נוספים, בהם בעל החברה שסיפקה שירותי ניקיון לרכבת.
הפרשה התגלתה לאחר שהנהלת הרכבת הפעילה חוקרים פרטיים שחשפו לכאורה עבירות חמורות וכבר בחודש ינואר האחרון הוגשה התלונה למשטרה. הבוקר, בתום חקירה סמויה של היחידה למאבק בפשיעה כלכלית (יאל"כ) בלהב 433 במשטרה, נעצרו ועוכבו לחקירה יותר מ-25 בני אדם בחשד למעורבות בפרשה.
מחקירת היחידה, בשיתוף יחידת חקירות מכס ומע"מ חיפה ויחידת יהלום של רשות המסים ובליווי פרקליטות מחוז הצפון והמחלקה המשפטית מכס ומע"מ צפון, עולה כי כמה מפקחי תברואה ברכבת ישראל זייפו וניפחו דוחות פיקוח על ניקיון מערכי הרכבת על מנת שיועבר בגינם תשלום יתר לחברת קבלן המועסקת ברכבת ישראל בתחום זה בצפון ובמרכז, זאת בתמורה לטובות הנאה.
כמו כן, עלה חשד כי בעלי חברת הקבלן ומנהלים בה יצרו מנגנון שיטתי של הנפקת חשבוניות מנופחות או פיקטיביות עבור תאגידים שלהם סיפקה שירותי ניקיון וכוח אדם, ובהם רכבת ישראל, לצד דיווח כוזב לרשויות המס וקיזוז החשבוניות, בין היתר, באמצעות חברות משנה שהן מעסיקות.
