ביישובים שיופעל בהם יום חינוך ארוך, יופעל יום כזה גם במוסדות לחינוך מיוחד. בקול ישראל דווח, כי שרת החינוך יולי תמיר הודיעה שהמימון ילקח מתקציב המשרד. עלות הפרוייקט כשמונה מיליון שקלים ויקיף כ-140 גנים של החינוך המיוחד.
יום חינוך ארוך יופעל גם במוסדות לחינוך המיוחד