אפרים סנה נולד בשנת - 1944 בתל אביב.
סנה שירת בשירות סדיר בנח"ל. הוא סיים לימודי רפואה באוניברסיטת תל-אביב ב-1972. לאחר התמחותו ברפואה פנימית שב לצבא קבע כרופא גדודי בחטיבת הצנחנים. עם השנים התקדם בסולם הדרגות, ובשנים 1981-1982 פיקד על אזור הביטחון בדרום לבנון. בשנים 1985-1987 שירת כראש המנהל האזרחי ביהודה ושומרון. ב-1987 פרש מצה"ל בדרגת תת-אלוף.
לאחר פרישתו הפך לפעיל במפלגת העבודה. ב-1992 נבחר מטעמה לכנסת. בשנים 1994-1996 כיהן כשר הבריאות. בשנים 1991-2001 כיהן כסגן שר הביטחון. במרץ 2001 מונה לשר התחבורה. בנובמבר 2002, התפטר סנה ממשלת שרון יחד עם שאר שרי העבודה בעקבות אי הסכמה עם מדיניות הממשלה.
סנה נשוי ואב לשניים.