שר הביטחון עמיר פרץ הנחה את הרמטכ"ל דן חלוץ לשוב ולהבהיר לכל דרגי הפיקוד בצה"ל את ההוראה החד-משמעית, לפיה יש להעדיף ביטול משימה על פני סיכון בפגיעה בחפים מפשע. בקול ישראל דווח, כי לאחר הדיווח על ההפצצה בחאן יונס, שינה פרץ את לוח הזמנים שלו ונועד בלשכתו בקריה עם הרמטכ"ל.