במשרד הביטחון חושדים כי החברה שמפעילה את המעברים בגדר ההפרדה ביהודה ושומרון זכתה שלא כדין במכרז להפעלתם. לפי שעה הוציא המשרד את ניהול המעברים מידי חברת "מיקוד" והיא עוסקת כעת רק בהכשרת העובדים ובתחזוקת המעברים. בקול ישראל דווח, כי המשרד מינה משפטנים לעקוב אחר התנהלות החברה. על פי החשד, היו פרטים לא נכונים במסמכים שהגישה החברה במכרז על הפעלת המעברים והמשרד העביר את הטיפול בעניין לחקירת המשטרה.