שאול מופז עלה לישראל בגיל תשע מאירן.
ב-1966 התגייס לחטיבת הצנחנים, והתקדם במסלול הפיקוד. היה מפקד בית הספר לקצינים (בה"ד 1) והשתתף במבצעים רבים, בינהם מבצע אנטבה. ב-1986 מונה למפקד חטיבת הצנחנים. ב-1988 הועלה לדרגת תת-אלוף ושירת כמפקד עוצבת הגליל ומפקד כוחות צה"ל ביהודה ושומרון. ב-1994 הועלה לדרגת אלוף ומונה לאלוף פיקוד הדרום וראש אגף התכנון במטכ"ל.
מופז בוגר בית הספר לפיקוד ומטה של צבא ארצות הברית בווירג'יניה ובעל תואר שני במינהל עסקים מאוניברסיטת בר-אילן.
ב-1997 מונה לסגן הרמטכ"ל וראש אג"ם. ב-1998 מונה מופז לרמטכ"ל ה-16 של צה"ל, לאחר מאבק מתוקשר של סגן הרמטכ"ל שקדם לו, מתן וילנאי. במהלך תפקידו כרמטכ"ל פיקד על יציאת צה"ל מלבנון ועל מבצע "חומת מגן" במסגרתו נכנס צה"ל לערים הפלסטיניות ונלחם כנגד תשתית הטרור.
ביולי 2002 פרש מופז מתפקידו כרמטכ"ל ובנובמבר 2002, בעקבות התפטרותו של בנימין בן-אליעזר, מונה לשר הביטחון בממשלת שרון.
לאחר פרישתו של שרון מהליכוד והקמת מפלדת קדימה, הודיע מופז שהוא לא עוזב את הליכוד ושבכוונתו להתמודד על ראשות הליכוד. בעקבות פיגורו בסקרים אחר המתמודדים האחרים על ראשות הליכוד, שינה מופז את דעתו והודיע על פרישתו מהליכוד והצטרפותו למפלגתו של שרון.
מופז נשוי לאורית ואב לארבעה.