מבקר המדינה, [[מיכה לינדנשטראוס]],דחה את הביקורת בדבר עיתוי פרסום הדו"ח על [[תכנית ההתנתקות]], סמוך למועד הבחירות. לדבריו, משרד המבקר עוסק בהיבטים מקצועיים בלבד ולא נוגע בעמדות פוליטיות.
"אנחנו לא מפסיקים את עבודת הביקורת בתקופת הבחירות, אלא ממשיכים בעבודתינו כאילו אין בחירות", אמר המבקר בוועדת הכנסת לביקורת המדינה, "אם לא מפרסמים כלום אז יש את אלה שאומרים שלא פרסמנו בגלל הבחירות. אנחנו לא משביתים את משרד מבקר המדינה כתוצאה מהבחירות למשך חודשים ארוכים. זה לא בא בחשבון".
לינדנשטראוס דחה עוד טענות על חוסר איזון בדו"ח, והדגיש כי היעדר שיתוף פעולה מצד המפונים הקשה על מציאת פתרונות מגורים עבורם.