אימן בשנות ה-90 את קאן והעלה אותה לליגה הראשונה בצרפת. לאחר מכן הגיע איתה לגביע אופ"א. בין היתר טיפח שחקנים כמו זינדין זידאן וטל בנין. ב-1995 עבר לפאריס סן ז'רמן, בה כיכב כשחקן, והוביל אותה לחצי גמר הצ'מפיונס ליג ולזכיה בגביע הצרפתי.
ב-1995/96 זכה עם סן ז'רמן בגביע אירופה למחזיקות גביע והיה למאמן הצרפתי הראשון שזוכה בגביע אירופי. ב-1996/97 עבר לאתלטיק בילבאו בספרד, ובין היתר הוליך אותה לסגנות הליגה הספרדית.
אחרי ארבע שנים מוצלחות בבילבאו חזר פרננדז לפאריס סן ז'רמן, שם לא הצליח לשחזר את הצלחתו מהקדנציה הראשונה. הסתכסך עם רונאלדיניו ששיחק באותה העת בקבוצה.
בעונת 2003/04 עבר לאמן את אספניול, שקראה לו לאחר שהסתבכה בתחתית והציל אותה מירידה. עבר לאמן בקטאר את אל ראיין ולא קצר שם הצלחה. במהלך עונת 2005/06 הגיע לבית"ר ירושלים