לקראת הבחירות בשנת 2003 ניצח שרון את בנימין נתניהו בבחירות המקדימות בליכוד והוביל את הליכוד בבחירות לכנסת, שנערכו ב-28 בינואר, כאשר הוא מכפיל את כוח המפלגה ל-38 מנדטים.
לאחר הניצחון בבחירות 2003 הקים שרון ממשלה עם שינוי וללא החרדים. בנאום שנשא בכנס הרצליה בסוף 2003, הודיע שרון שבכוונתו לבצע בעתיד הקרוב נסיגה חד צדדית מרצועת עזה ומחלקים מצפון השומרון ואף לפנות התנחלויות. תוכנית זו כונתה בפיו: "התנתקות".
התוכנית הועמדה לאישור מתפקדי הליכוד ואלה דחו אותה. למרות תוצאות המשאל, שרון המשיך במאמצים לאישור תוכנית התנתקות מתוקנת בממשלה ופיטר את שרי האיחוד הלאומי כדי להבטיח רוב בממשלה. בתחילת 2005 צירף לממשלתו את מפלגת העבודה, בראשותו של שמעון פרס.
תוכנית ההתנתקות אושרה בהנהגת שרון בממשלה ובכנסת ובוצעה בחודש אוגוסט 2005. במסגרת התוכנית פונו כל ההתנחלויות ברצועת עזה וארבע התנחלויות בצפון השומרון. עם בחירתו של ח"כ עמיר פרץ ליו"ר מפלגת העבודה פרשו שרי העבודה מהממשלה. בעקבות הפרישה, פנה שרון לנשיא המדינה וביקש ממנו לפזר את הכנסת. במקביל פעלו סיעות האופוזיציה להעברת חוק לפיזור הכנסת. בפשרה שהושגה בין הנשיא לכנסת הוחלט כי הבחירות לכנסת יתקיימו ב-28 במרץ 2006 וממשלת שרון תוכר כממשלת מעבר, דבר שיאפשר לשרון למנות שרים ללא אישור הכנסת.