העבודה עמדה בראשות האופוזיציה עד מאי 2003, ובמהלך הכנסת השש-עשרה התמזגה מפלגת העבודה עם מפלגת עם אחד בראשות עמיר פרץ והצהירה על מחויבות מחודשת לדבקות בערכי השמאל החברתי. בסוף 2004, לאחר פרישת מפלגת שינוי מהממשלה, הצטרפה מפלגת העבודה לממשלה, כדי להבטיח את ביצועה של תוכנית ההתנתקות שהוביל אריאל שרון לנסיגה מרצועת עזה ומארבע התנחלויות בצפון השומרון. פרס ממונה לתפקיד חדש שנוצר במיוחד עבורו: המשנה לראש הממשלה. צירופה של מפלגת העבודה לקואליציה מבטיחה רוב בכנסת לתוכנית ההתנתקות ובאוגוסט של אותה שנה נסוגה ישראל מרצועת עזה ומחלקים בצפון השומרון.