לאחר בחירות 2003 מונה איתם לשר הבינוי והשיכון בממשלת שרון. בחודש יוני 2004 התפטר איתם מהממשלה על רקע תוכנית ההתנתקות שהציג ראש הממשלה שרון. ההתפטרות נעשתה בניגוד לעמדת המפד"ל שראתה חשיבות בהישארות שריה בממשלה כדי להשפיע מבפנים. ההתפטרות הובילה להדחתו של איתם מתפקיד יו"ר המפד"ל בפברואר 2005. לאחר ההדחה החליט איתם לפרוש מסיעת המפד"ל יחד עם יצחק לוי ולהקים את סיעת ציונות דתית לאומית מתחדשת.