אמש התקיימה בלייפציג הגרלת הבתים לעיני 11 אלף נוכחים. כמו במונדיאל הקודם, 32 הנבחרות המשתתפות חולקו ל-8 בתים, 4 נבחרות בכל בית. בתום ליגה בת סיבוב אחד יעלו שתי הנבחרות הראשונות מכל בית לשמינית הגמר, ומכאן והלאה המשחקים יהיו בשיטת נוק-אאוט. מונדיאל 2006 יצא לדרך ב-9 ליוני במינכן, כאשר משחק הגמר ייערך בדיוק חודש לאחר מכן בברלין.
ואלו הם שמונת הבתים שהורגלו:
בית 1: גרמניה, אקוואדור, פולין, קוסטה ריקה
בית 2: אנגליה, פרגוואי, שבדיה, טרינידד וטובאגו
בית 3: ארגנטינה, חוף השנהב, הולנד, סרביה ומונטנגרו
בית 4: מכסיקו, אנגולה, פורטוגל, איראן
בית 5: איטליה, גאנה, צ'כיה, ארה"ב
בית 6: ברזיל, אוסטרליה, קרואטיה, יפן
בית 7: צרפת, טוגו, שוויץ, דרום קוריאה
בית 8: ספרד, תוניסיה, אוקראינה, סעודיה.