סער נולד בתל אביב כגדעון סרצ'נסקי, בן לברוריה, מורה ובת למשפחה ממוצא בוכרי, דור רביעי בארץ ישראל, ולד"ר שמואל סרצ'נסקי שעלה מארגנטינה ושימש רופא קיבוץ שדה בוקר. את שירותו הצבאי סיים גדעון סער בדרגת סמ"ר. הוא היה לוחם ומש"ק מודיעין בחטיבת גולני. עורך דין בהכשרתו ולמד מדעי המדינה ומשפטים באוניברסיטת תל אביב.
את פעילותו הציבורית והפוליטית החל עוד לפני שנבחר לכנסת. ב-1999 ובשנים 2001-2002 היה מזכיר הממשלה. בשנים 1998-1997 היה עוזר לפרקליטת המדינה ובשנים 1997-1995 היה עוזר ליועץ המשפטי לממשלה.
נבחר לכנסת ה-16, ובה שימש כיושב ראש הקואליציה. חבר בוועדת האתיקה; ועדת הכנסת; מ"מ ועדת החוץ והבטחון; ועדת חוקה, חוק ומשפט; ועדה לקידום מעמד האישה; ועדה מיוחדת לנושא בעיית העובדים הזרים; ועדת החקירה הפרלמנטרית לעניין הסחר בנשים.
בדצמבר 2008 נבחר סער במקום השני ברשימת הליכוד לכנסת ה-18.
גדעון סער נשוי ואב לשתי בנות.