דו"ח רשם העמותות מותח ביקורת חריפה על הרב יוסף בא-גד ועל פעילותו בעמותות שבראשן עמד, "ישיבת נחלים" ו"האגודה לפיתוח מוסדות נחל-יצחק".
בקול ישראל דווח, כי מחקירה שערך רשם העמותות, עו"ד ירון קידר, עלה כי במשך 7 שנים קיבל הרב בא-גד שלא כדין משכורות בסך של יותר מ-2 מיליון שקלים משתי העמותות יחד.
עוד עלה מהחקירה, כי על שטח שנמצא בבעלות "ישיבת נחלים", הוקמה וילה מפוארת עבור בתו וחתנו של הרב. על פי דו"ח החקירה, בניית הבית הסבה לעמותה הפסדים בסך 900 אלף שקלים.
בדו"ח, שהועבר בין השאר למשטרה, לרשות המיסים ולפרקליטות, רשם העמותות מציין עוד, כי הרב בא-גד ואשתו השתמשו בכספי העמותה לממן תשעה ארועים פרטיים בסכום של יותר 120 אלף שקלים.