בעקבות פסיקת בג"צ, לפיה יש לתקן את תוואי גדר ההפרדה באלפי מנשה, טוענים בארגון "בצלם" ו"במקום", כי תוואי הגדר הינו פוליטי, ונועד לאפשר את הרחבת ההתנחלויות.
בדו"ח שפורסם תחת הכותרת "במסווה של ביטחון: הרחבת התנחלויות בחסות מכשול ההפרדה", טוענים הארגונים, כי בניגוד לטענת המדינה, לפיה תוואי הגדר נקבע משיקולי ביטחון בלבד, השיקול העיקרי שעמד מאחורי קטעים רבים של התוואי היה רצון לכלול מעברו הישראלי שטחים המיועדים להרחבת ההתנחלויות. בחלק מהמקרים, כך נטען, מהוות הרחבות אלה התנחלויות חדשות.
מהדו"ח עולה, כי מתכנני התוואי העדיפו לבנות את הגדר באופן שיכלול את השטח המיועד להרחבת ההתנחלויות בצד הישראלי, גם במחיר של פגיעה בביטחון. שופטי בג"ץ קבעו היום, כי בניגוד לפסיקת בית הדין בהאג, לישראל ישנה הסמכות העקרונית להקים גדר בגדה, מעבר לקו הירוק, לצורך שמירה על הביטחון.