סעיפים קיימים בתקנון הכנסת עלולים להוות מכשול במשא ומתן הקואליציוני. במהלך המשא ומתן הובטח למפלגת העבודה וליהדות התורה כי יקבלו תפקידים של ראשי ועדות בכנסת. ואולם, בגלי צה"ל דווח, כי התקנון מתיר להדיח ראשי ועדות מכהנים רק אם מעלו בתפקידם. על פי התקנון, דרך אחרת להדיח ראש ועדה היא בהסכמה גורפת של כל סיעות הבית, אבל על פי הערכות מהלך כזה לא יצלח.