בדו"ח של המשרד לביטחון פנים נמתחה ביקורת חריפה על טיפול משטרת יהודה ושומרון בחקירת הפרות סדר של מתנחלים. בדו"ח נכתב כי בקרוב ל-70% מהתיקים נמצאו ליקויים, לא נחקרו עדי ראיה חיוניים, לא תורגמו מסמכים מערבית לעברית וגביית העדויות היתה לקויה - בכמה מקרים נרשמו עדויות שכלל לא נמסרו.
בקול ישראל דווח כי רק ב-8% מתוך כ-250 תיקים שנבדקו הוגשו כתבי אישום. כ-70% מהתיקים שנבדקו התנהלו בתחנת חברון ושאר התיקים בתחנות שומרון ובנימין. הבדיקה נעשתה בעקבות הוראת השר לביטחון הפנים לשעבר, עוזי לנדאו, עקב תלונות של מתנחלי חברון.