מחלוקת התעוררה בין צה"ל לדרג המדיני על נחיצות הישארות הכוחות בעיירה בית חנון. בערוץ 1 דווח כי הרמטכ"ל, רב אלוף משה יעלון, סבור כי יש לצאת מהעיירה, בניגוד לעמדת שר הביטחון, שאול מופז. בכל מקרה מעריכים בצה"ל כי הפעולה בעיירה לא תגרום להפסקה מוחלטת של ירי הקסאמים.