לאחר ששוחרר מהצבא הפולני בשלהי 1943 מונה למפקד ארגון האצ"ל. בתחילת 1944 יזם לחימה בבריטים בטענה כי הם מבקשים לסכל הקמת מדינה ליהודים.
בתקופה זו ניהל מאבק קשה בבריטים שהציעו פרס כספי גבוה על לכידתו. הוא הצליח לחמוק ממעצרים ולנהל את פעולות האצ"ל ממקומות מחבואו. בשנים 1945-1946 היה חבר בתנועת המרי העברי שהורכבה מההגנה, האצ"ל והלח"י אך התפרקה לאחר חילוקי דעות על דרכי המאבק.
ביוני 1948 היה על סיפון הפסינה "אלטלנה" שנשאה נשק עבור האצ"ל וטובעה בהוראת בן-גוריון, שחשש ממאבק של האצ"ל בצה"ל.