באגף הביטחון של משרד התחבורה מתנערים מאחריות לבדיקת הרקע הביטחוני של טייסים זרים, לאחר שטייס עומני היה קרוב לחטוף ולרסק מטוס שעליו 174 נוסעים ישראלים. במשרד טוענים כי לא קיבלו מראש את שמות טייסי פליי דובאי.
תמיר אורי, בכיר באגף הביטחון והסייבר במשרד התחבורה, אמר כי "אגף הביטחון מבצע אבחון ביטחוני של התעופה לישראל מול חברת התעופה וגורמים מקומיים. מבקשים הצהרה שכלל הטייסים עברו בדיקת רקע ביטחונית. אנחנו לא גוף מודיעיני שבודק רקע מודיעיני, יש לנו 120 חברות תעופה שטסות לכאן, אנחנו לא שב"כ ואין לנו אנשים בחו"ל".
אורי אמר כי שמות טייסי פליי דובאי לא הועברו למשרד והודה: "השמות לא הועברו אלינו לפני. הנוהל שלנו לא מכיל בכלל איום כזה של טייס שיבצע פיגוע".
עם זאת, רשימת אנשי הצוות הועברה למרכז הלאומי לאבחון נתוני נוסעים (מלא"ן), הפועל ברשות המסים ומפיץ את המידע לגורמי הממשלה הרלוונטיים, בהם שב"כ, המוסד והמשטרה. במשרד התחבורה טוענים כי הרשימה לא הועברה אליהם וכי הפיקוח על חברות התעופה וצוותיהן מתבסס על הצהרות החברות.
לדברי אורי, "אנחנו מאמינים שלא היו מקרים כאלה בעבר, שטייסים עם רקע כזה הגיעו לארץ. הנחת העבודה שלנו היא שזה לא קרה".

"טייס עם דרכון עומני לא היה אמור לעלות לטיסה"
שמואל זכאי, ראש רשות התעופה האזרחית, אמר כי "לרת"א, על פי החלטת ממשלה, אין שום אחריות לנושאים ביטחוניים. אחראים על בטיחות. כל נושא הביטחון באחריות גופים אחרים".
זכאי התייחס גם לעובדה שהטייס החזיק בדרכון עומני. "אם לאזרח עומני אין ויזה או היתר כניסה לישראל, הוא לא אמור לעלות לטיסה אליה", אמר. לדבריו, "חברת התעופה יודעת שאסור היה לה להטיס את המטוס הזה עם טייס שמחזיק בדרכון עומני שאסור בכניסה לישראל".
אורי התייחס גם למגבלות האבטחה של חברות זרות: "אין 100% ביטחון. זה לעצור את התעופה לישראל. חברות התעופה הישראליות מבצעות את הבידוק באמצעות צוותים ישראלים, זה לא המצב עם חברות תעופה זרות".
לגבי חידוש הטיסות אמר זכאי כי פליי דובאי הפסיקה לטוס לישראל לאחר ששלטונות איחוד האמירויות הורו לחברה להפסיק את הטיסות עד לסיום החקירה ולוודא שאין בחברה טייסים נוספים מסוג זה. "כלל יסוד הוא שהמדינה שממנה יוצא המטוס אחראית על הביטחון", אמר.

לדבריו, גם הקבינט החליט, בהמלצת שרת התחבורה והשב"כ, כי עד לבירור נסיבות האירוע החברה לא תשוב לטוס לישראל. זכאי הוסיף כי לפי חוק התעופה, חברה שמבטלת טיסה פחות מ-14 ימים לפני מועד ההמראה מחויבת לפצות את הנוסעים, וכי הדבר חל גם על פליי דובאי במקרה הנוכחי.