ש"ס הגיעה לבחירות 1999 בצל הרשעתו של דרעי בעבירות שוחד ומרמה בחודש מארס אותה שנה. היא גרפה מספר שיא של 17 מנדטים. הפרשנים העריכו כי רוב המנדטים הגיעו בגלל הרשעתו של דרעי והקמפיין העממי "הוא זכאי", והתחושה בקרב מצביעי ש"ס כי דרעי נרדף על רקע עדתי. הקלטת "אני מאשים" של דרעי הופצה בכל רחבי הארץ לפני הבחירות והחליפה את קמעות כדורי.
בציבור התחזק הדימוי של ש"ס כמפלגה מושחתת, ובכנס הניצחון של אהוד ברק, מועמד מפלגת העבודה, שנבחר לראש הממשלה ברוב גדול, נשמעו קריאות הדורשות מברק לא להכניס את ש"ס לקואליציה - "רק לא ש"ס". הרב יוסף הביע את מורת רוחו המפורשת מהמצב אליה הגיעה המפלגה וצוטט לאחר הבחירות: "אם המחיר הוא להחשב למפלגה מאוסה בציבור ומנודה בקואליציה, מה לי 17 מנדטים כשיש כל מיני פרחחים שלא מקבלים מידות של דעת תורה? אני מוכן ללכת ולכתת את רגלי מעיר לעיר. להשיג רק 6 מנדטים, אבל שיהיו כולם נטו לתורה".
למרות הקריאות "רק לא ש"ס", החליט ברק להכניס את ש"ס לקואליציה. בממשלת ברק עמדה ש"ס בחיכוכים בלתי פוסקים עם מרצ, על רקע רשת החינוך שלה והתעקשות שר החינוך יוסי שריד, ממרצ, להחיל עליה פיקוח הדוק ותוכניות הבראה. פעמיים - בדצמבר 1999 וביוני 2000 - הגישה ש"ס מכתבי התפטרות לראש הממשלה ברק על רקע המשבר עם מרצ. בחודש יולי 2000, ערב פסגת קמפ דיוויד, התפטרה ש"ס באופן סופי מן הממשלה - הפעם על רקע אי הסכמה מדינית על מהלכיו של ברק במשא ומתן עם הפלסטינים.