ש"ס הגיעה לבחירות 1992 עם שובל של חשדות פליליים וכתבי אישום, תקציב מצומק לאחר חובות כבדים שהוטלו על ידי מבקרת המדינה, סכסוכים עמוקים עם הרב שך והליטאים וסכסוכים פנימיים. בעקבות חקירת המשטרה המסתעפת נגדו, טען דרעי כי הוא נרדף על ידי האליטה האשכנזית רק בשל היותו ספרדי.
התבטאות הרב שך שבועיים לפני הבחירות כי "עדיין מוקדם לתת כוח שלטון בידי הספרדים, הם עוד צריכים להשכיל", הטיבה עם ש"ס. בבחירות, שסימנו את הניתוק הסופי של ש"ס מהפטרונות הממסדית חרדית-ליטאית, קיבלה 6 מנדטים.
במקביל להצלחה בבחירות, התמודדה ש"ס עם שורה של משברים: מועצת החכמים התפרקה, הרב שך הכריז עליה מלחמה גלויה, נציגי המתנחלים החלו בהפגנות קבועות מול בית הרב יוסף וחברי הכנסת של התנועה גורשו משמחות חרדות. ש"ס עמדה בפני קרע כפול: בין הרבנים המייסדים ובין המפלגה למצביעיה. השיא היה כשבשנת 1993 נאלץ אריה דרעי להתפטר מהממשלה לאחר שהוחלט להגיש נגדו כתב אישום. במקביל להתפטרות של דרעי, פרשה ש"ס מהקואליציה במחאה על הסכמי אוסלו.