ב-1990 הסתבכה ש"ס במה שכונה "התרגיל המסריח". יו"ר מפלגת העבודה שמעון פרס יזם עם ש"ס מהלך שנועד להפיל את ממשלת האחדות בראשות הליכוד ולהקים ממשלה צרה בראשות מפלגת העבודה. בהצעת אי האמון נפלה ממשלת האחדות, אולם המהלך, שלא תואם עם הרב שך, עורר את זעמו ואת זעמם של מצביעי ש"ס. לאחר 3 חודשים ושני נסיונות כושלים של פרס להקים ממשלה, חצתה ש"ס את הקווים וחברה לליכוד ולממשלה הצרה שהקים יצחק שמיר.
בשנת 1990 מונה אריה דרעי ליו"ר ש"ס. באותה שנה נפתחה נגדו חקירה משטרתית בחשד שבעת כהונתו כשר הפנים השתמש ברשויות המקומיות כצינור להעברת מיליוני שקלים לעמותות ולמסודת חרדיים המקורבים אליו.