בבחירות במאי 1999 קיבל הליכוד, שהתמודד ברשימה עצמאית ללא גשר וצומת, שפל של 19 מנדטים. נתניהו הפסיד במירוץ לראשות הממשלה לאהוד ברק, שקיבל 56 אחוזים מהקולות לעומת 44 אחוזים לנתניהו. בעקבות הפסדו, הודיע נתניהו על התפטרותו מהנהגת הליכוד ביום הבחירות. אריאל שרון מונה ליו"ר הזמני של המפלגה. בבחירות המוקדמות שנערכו בספטמבר 1999 נבחר ליו"ר הקבוע.