בבחירות במאי 1996, שהיו לראשונה בשיטת הבחירה הישירה לראש הממשלה, התמודד הליכוד ברשימה משותפת עם תנועת גשר בראשות דוד לוי, לשעבר מבכירי הליכוד, ותנועת צומת בראשות רפאל איתן. הרשימה המשותפת קיבלה 32 מנדטים, פחות ממפלגת העבודה שקיבלה 34 מנדטים, אולם מועמד הליכוד בנימין נתניהו נבחר לראש הממשלה ברוב דחוק של 50.4 אחוזים מהקולות לעומת שמעון פרס שקיבל 49.5 אחוזים מהקולות. הליכוד בראשות נתניהו הקים את הקואליציה.
ממשלת נתניהו לא ביטלה את הסכמי אוסלו, אך התעקשה שלא להתקדם בנסיגה מהשטחים כל עוד הפלסטינים אינם מקיימים את התחייבויותיהם כלפי ישראל. בקיץ 1997 התרחש ניסיון ההתנקשות של ישראל בבכיר ה"חמאס" חאלד משעל בירדן, בהוראת נתניהו. ניסיון זה נכשל והביא לשחרורם של עשרות אסירים פלסטינים. נתניהו הסתבך בפרשת "בראון-חברון" וחיכוכים פנימיים בליכוד על רקע וועידת וואי, כמו גם מצבן הכלכלי של השכבות החלשות, גרמו להקדמת הבחירות.