בבחירות בנובמבר 1988 שוב גבר הליכוד על המערך וקיבל 40 מנדטים לעומת 39 מנדטים. הוחלט על הקמת ממשלת אחדות ללא רוטציה בראשותו של יצחק שמיר.
במארס 1990 הופלה ממשלת שמיר במה שנודע כ"תרגיל המסריח": המערך חבר לש"ס בהפלת הממשלה. אך כשניסה פרס להרכיב ממשלה בראשותו, הפנתה לו ש"ס עורף וחברה לליכוד. ביוני 1990 הוקמה ממשלה צרה בראשות הליכוד ובשיתוף מפלגות הימין והמפלגות הדתיות. באותה שנה חדלה תנועת החירות מלהתקיים כגוף עצמאי בתוך הליכוד, והתמזגה לתוכו.
ב-1991 נקטה ממשלתו של שמיר במדיניות האיפוק בזמן מלחמת המפרץ, וזכתה להערכה רבה מצד ארצות-הברית. החלטתו של שמיר להשתתף בוועידת מדריד ופתיחת השיחות הדו-צדדיות עם סוריה ולבנון ועם משלחת ירדנית-פלסטינית גרמו לפרישתן מהממשלה של שלוש שותפות קואלציוניות התחיה, צומת ומולדת ולהחלטה להקדים את הבחירות.