בבחירות 1999 התמודד יו"ר המפלגה אהוד ברק מול בנימין נתניהו על ראשות הממשלה. ברק גבר על יריבו מהליכוד בהפרש ניכר: 56 אחוזים מהקולות לעומת 40.3 אחוזים לנתניהו. בנאום הניצחון הכריז ברק כי "זהו שחר של יום חדש".
מפלגת העבודה התמודדה ברשימה משותפת עם מפלגות גשר ומימד. הרשימה נקראה ישראל אחת וביטאה את שאיפת מפלגת העבודה להציג קו עממי שמייצג קבוצות אוכלוסיה רבות. רשימה זו קיבלה 26 מנדטים לעומת 19 מנדטים שקיבל הליכוד.
ערב הבחירות, הבטיח ברק להוציא את כוחות צה"ל מדרום לבנון בתוך שנה מרגע שיבחר. ב-24 במאי 2000 מילא ברק את הבטחתו והורה על נסיגת כוחות צה"ל מרצועת הביטחון של דרום לבנון. ישראל שבה לגבול הבינלאומי שאותו קבעו פקחים מטעם האו"ם.
ניסיונותיו של ברק להגיע להסדרי קבע עם סוריה ועם הפלסטינים הגיעו למבוי סתום, למרות נכונותו לוויתורים מרחיקי לכת. ב-5 בדצמבר 2000 הודיע ברק על הסכמתו לבחירות מוקדמות, בעקבות כישלון שיחות קמפ-דייוויד בינו ליאסר ערפאת ביולי 2000, התמשכות המהומות בשטחים, שפרצו בסוף ספטמבר 2000, והיווצרות רוב בכנסת להפלת הממשלה, לאחר פרישתן מהממשלה של כמה ממפלגות הקואליציה בחודשים שקדמו לכך.