בשנת 1999 חזר למפלגת העבודה, והיה פעיל במטה הבחירות שהתקיימו בחודש מאי.
לאחר ניצחון מועמד המפלגה אהוד ברק, התמודד בורג על תפקיד יו"ר הכנסת, וניצח את מועמד ראש הממשלה שלום שמחון.
ביולי 1998, הודיע בורג כי הוא מתכנן להתמודד על ראשות המפלגה. ברק צוטט בהקשר כשאמר: "בורג הוא גור חתרנים". בורג הצהיר מאז מספר פעמים על רצונו להתמודד על ראשות המפלגה ואף על ראשות הממשלה. במהלך נאום של אהוד ברק צולם בורג ע"י מצלמות טלוויזיה מסנן לעבר ראש הממשלה "שתיחנק". בורג טען לאחר מכן כי אמר את הדברים בבדיחות הדעת.