לאחר פרישתו של מרידור מן הממשלה הודיע ב-1998 כי יתמודד על ראשות הממשלה, ואף הצביע בעד פיזור הכנסת.
בינואר 1999 הודיעו מרידור, אמנון ליפקין-שחק, רוני מילוא ויצחק מרדכי על הקמת מפלגת מרכז מאוחדת. מרדכי הוצב בראש הרשימה, כמועמד המפלגה לראשות הממשלה, ומרידור קיבל את המקום השלישי ברשימת המפלגה לכנסת.