דן מרידור נולד בשנת 1947 בשכונת רחביה בירושלים למשפחה בית"רית מוכרת ופעילה. אביו, אליהו מרידור, היה עורך דין וחבר כנסת מטעם חרות. אימו רעננה פרופסור בחוג ללימודים קלאסיים באוניברסיטה העברית. מרידור שירת בצה"ל בחיל השריון, סיים את לימודיו בפקולטה למשפטים באוניברסיטה העברית והוסמך כעורך דין.
דן מרידור נשוי לליאורה מרידור, ד"ר לכלכלה, מרצה ולשעבר עובדת בכירה בבנק ישראל. לזוג שלושה בנים ובת. אחיו הצעיר, סלי מרידור מכהן כשגריר ישראל בארצות הברית.