ראש המינהל לחינוך התיישבותי העביר הבוקר הוראה לכל מנהלי בתי הספר האוסרת לשלוח תלמידים לבניית הגדר בגלבוע במהלך שעות הלימודים. זאת בעקבות התנגדותה הנחרצת של שרת החינוך, לימור לבנת, לשיתוף התלמידים בפרויקט. בשל צעדי משרד החינוך החליטו במועצה האזורית גלבוע, המקימה את הגדר מיוזמתה בכפי תרומות, שהתלמידים יעבדו רק אחרי שעות הלימודים.
אבי היוזמה, דני עטר ראש המועצה האזורית גלבוע, ציין כי "עבודת בני הנוער בבניית גדר ההפרדה רק מעכבת את הקצב והיא לא מפחיתה את העלות אבל כיוון שיש בה מרכיבים ערכיים-ציוניים ראינו בזה דבר נכון". עטר אמר לקול ישראל כי הוא מצר על כך שמשרד החינוך הופכת את הפעילות הזו לפוליטית. הוא התחייב כי העבודה תתבצע תחת אבטחה כבדה.
11 בתי ספר מרחבי הארץ פנו אל המועצה האזורית גלבוע בבקשה לסייע בהקמת הגדר. "אני מודיע שהשבוע יגיעו התלמידים בהסעות מאורגנות שייצאו בצהריים מבתי ספר לאחר תום הלימודים ובליווי מורים. "את זה משרד החינוך לא יכול למנוע", אמר דני עטר.
מנכ"לית משרד החינוך, רונית תירוש, אמרה כי הקמתה של הגדר היא באחריות משרד הביטחון, והתלמידים צריכים לעסוק בלימודים ולא בהקמת גדרות. השרה לבנת: "לא ניתן אישור למעורבות של תלמידים בהקמת הגדר". משרד החינוך הוציא הנחיה לכל בתי הספר להימנע מסיוע בהקמת הגדר, ואמר כי יבחן כיצד לטפל בתלמידים שבכל זאת ישתתפו בפרויקט.