במאי 1998 מינה שר הביטחון, יצחק מרדכי את שאול מופז לתפקיד הרמטכ"ל, במקומו של אמנון ליפקין. תהליך הבחירה היה מלווה בשמועות והשמצות רבות, משני המחנות. לאחר שנודעה הבחירה במופז, וילנאי כינה את המינוי "מעשה נבלה" ו"תרגיל מסריח". ופרש מן הצבא.
הפרישה מהצבא