ראש הממשלה, אריאל שרון, נפגש עם ראש המוסד, מאיר דגן, בעקבות הפיגוע בקניה, והורה לו למצוא את האחראים. על פי הדיווח בעיתון הבריטי "סאנדיי טיימס" שרון אמר לדגן: "הטרור האיסלאמי הגלובלי הכריז מלחמה על ישראל. שנה את סדר העדיפויות שלך ותמצא אותם אחד אחרי השני".
על פי הדיווח, שרון הורה לדגן לנקוט באמצעי בו לא נעשה שימוש ב-30 השנים האחרונות - הפעלת "הסוכנים הרדומים" במדינות ערב. שרון הורה לדגן להפעיל את הסוכנים המסתתרים תחת זהויות בדויות בסעודיה ותימן, כדי שיאתרו את האחראים לפיצוץ במלון במומבסה ולניסיון לפגוע במטוס ישראלי באמצעות טילים. הסוכנים הרדומים הם אנשי מוסד מיומנים, שהתנדבו לחיות במדינות ערב. בעתות מלחמה הם אמורים לפגוע בהיערכות הצבאית של מדינות האויב.
הפעם האחרונה שניתנה הוראה להפעיל את הסוכנים הרדומים היתה ב-1972. ראש הממשלה אז, גולדה מאיר, הורתה למוסד לחסל את הטרוריסטים האחראים לרצח הספורטאים באולימפיאדת מינכן. במהלך שש השנים הבאות נרצחו כולם פרט לאחד. בסאנדיי טיימס נכתב כי דגן עצמו אחראי, ככל הנראה לחיסולם של כ-30 פלסטינים פעילי טרור שפעלו בעזה במהלך שנות ה-70.
עוד דווח, כי בישראל ובקניה מאמינים שאוסאמה בן לאדן וארגון אל קאעדה הם אלה שמושכים בחוטים ועומדים מאחורי הפיגוע במומבסה. שני צוותי מוסד נשלחו לקניה לתגבר את עבודת החוקרים הקנייתים. "אם בן לאדן היה מעורב במתקפה בקניה, האיש הזה הוא גוויה מהלכת", אמר לעיתון אחד מסוכני המוסד. "המחיר על דם יהודי הוא מאוד גבוה", הוסיף.
בעיתון דווח כי במוסד הועלתה ביקורת כלפי הפעלת הסוכנים הרדומים. "טרוריסטים מוסלמים לא מהווים איום קריטי למדינת ישראל. את האנשים האלה (הסוכנים) יש לשמור למלחמה כוללת".