לאחר פרישתו מהצבא, נבחר איתם ליו"ר המפד"ל, לאחר שיו"ר המפלגה, יצחק לוי, פינה לו את מקומו. לאחר הצטרפותו של איתם, החליטה המפד"ל להצטרף לממשלת שרון. תחילה קילבה המפד"ל שני תפקידי שר ללא תיק, חברות בקבינט המדיני-ביטחוני וב"מטבחון המדיני-ביטחוני המורחב". כעבור מספר חודשים מונה איתם לשר התשתיות הלאומיות.