בשל הצפת חלק ממסילות הרכבת ברחבי הארץ, חלים הערב (ראשון) שינויים בתנועת הרכבות. כמה קווים בוטלו: כל הקווים המהירים לבאר שבע בשני הכיוונים, הקו הישיר מתל אביב לירושלים וקו ראשון לציון הראשונים לתל אביב. כמו כן, הרכבות בקטע תל אביב-בית שמש תתארכנה ותסיימנה נסיעתן בירושלים. פרטים נוספים ניתן למצוא באתר האינטרנט של רכבת ישראל.