מערכת הביטחון המליצה לחסן את הציבור נגד אבעבועות שחורות, מחשש למתקפה ביולוגית מצד עיראק. לפי הדיווח, בחודשים האחרונים התקיימו במערכת הביטחון מספר דיונים בסוגיית החיסונים נגד אבעבועות שחורות. זאת, בעקבות הערכות מודיעין כי עיראק פיתחה נשק ביולוגי, אותו היא תשגר לישראל במקרה של התקפה אמריקאית.
התומכים בחיסון כללי טענו כי הדבר נדרש למקרה שישראל לא תקבל התרעה מספקת מהאמריקאים לפני התקיפה, כך שמערכת הבריאות לא תספיק לחסן את הציבור ברגע אמת. מנכ"ל משרד הבריאות, ד"ר בועז לוי, אמר הבוקר בתגובה כי לישראל יש די חיסונים נגד אבעבועות שחורות, וכי למשרד יש צוותים, שמוכשרים לחסן את האוכלוסיה במקרה חירום.
עד תחילת שנות השמונים נהג משרד הבריאות בישראל לחסן את הציבור נגד המגפה, הנגרמת מנגיף ה "ואריולה". אולם לאחר שארגון הבריאות העולמי הודיע כי אין חשש יותר להתפרצות המגפה, הופסקו החיסונים. בשנים האחרונות, חזר הנושא לסדר היום הרפואי, בעיקר בהקשרים של נשק וטרור ביולוגי.
נגיף האבעבועות השחורות עובר באמצעות מגע ישיר, טיפות רוק, ולעיתים אף באמצעות מגע בד (בגדים, סדינים ושמיכות). הוא עמיד במיוחד, ומסוגל לשרוד בחום רב עד 6 שעות, ובתנאי קור עד 48 שעות. לאחר תקופת דגירה של כשבועיים גורם הנגיף לחום גבוה, צמרמורות, כאב ראש וגב עזים והקאות, בעקבותיהם מתחילה פריחה תוקפנית במיוחד. פריחה זו, גורמת לזיהום קטלני בגוף המוביל בשליש מהמקרים למוות.
הדרך היעילה ביותר להתמודדות עם המחלה היא כאמור בחיסון מקדים. אולם קיימת גם תרופה תרופה אנטי ויראלית בשם "אציקלוביר". תרופה זו המשמשת לטיפול באבעבועות רוח עשויה להועיל בטיפול באבעבועות שחורות.
במאמר שפירסמו לאחרונה ד"ר אמיליה אניס מהמחלקה למחלות זיהומיות וד"ר אלכס לבנטל מהמחלקה לבריאות הציבור במשרד הבריאות, מעלים השניים את הצורך בחיסון. "אם תתרחש הדבקה המונית, ניתן להתגבר עליה" כותבים המומחים, "אולם לשם כך יש להיערך כבר עתה לחיסון האוכלוסיה הישראלית מפני האבעבועות השחורות".