בשנת 1996 הופיעה הלהקה בפעם הראשונה אחרי שלוש שנים במסגרת פרוייקט האנפלאגד של MTV. ההופעה, והאלבום שהוקלט במהלכה, הראו שוב את היכולת האקוסטית של אליס אין צ'יינס.
עם זאת, שמועות על מותה של הלהקה והמתחים הפנימיים בה, סרבו להתפוגג. בשנת 1998 יצא אלבום הסולו של ג'רי קנטרל, "Boggy Depot", שתמך בקו זה. באלבום ניגנו אינז וקינלי, והמפיק הקבוע של אליס אין צ'יינס, טובי רייט, השתתף גם הוא, מה שהעצים את התחושה כי סטיילי פשוט פרש (כפי שפרש באותה תקופה מלמלא את תפקיד הסולן בלהקת מאד סיזן, ואותו החליף מארק לנגאן מהסקרימינג טריז).
בשנת 1999 הוציאה סוני קופסת אוסף משולשת של אליס אין צ'יינס הנקראת "Music Bank" ואשר כוללת חומרים ידועים ונדירים.
בשנת 2000 שוחרר האלבום "LIVE", שריכז ביצועים מהופעות חיות במהלך ההיסטוריה של הלהקה.
אלבום אוסף בשם "Greatest Hits" יצא בשנת 2001, והוא מהווה למעשה אלטרנטיבה זולה ודקה יותר לקופסת האוסף הגדולה.
מעולם לא הוכרז רשמית על פירוקה של הלהקה.