היועץ המשפטי לממשלה יהודה וינשטיין מסתייג מפתיחה בחקירה פלילית בפרשת הרפז זאת בניגוד להמלצת מבקר המדינה יוסף שפירא שפרסם מוקדם יותר היום (ראשון) את הדו"ח שחיבר בנושא, ובניגוד לעמדת הפרקליט הצבאי הראשי, תת-אלוף דני עפרוני, שתומך אף הוא בפתיחה בחקירה. עם זאת, עדיין לא התקבלה החלטה סופית בנושא.
הדו"ח, שמסכם בדיקה של למעלה משנתיים במהלכה נאספו אלפי מסמכים ונשמעו מאות עדויות, תיאר את היחסים העכורים בין לשכת שר הביטחון ללשכת הרמטכ"ל. "הדעת לא סובלת את איסוף המידע והטיפול ב'מסמך הרפז' כפי שתוארו בדו"ח. מערכת היחסים ששררה בין השר ברק לבין הרמטכ"ל דאז, רא"ל (מיל') אשכנזי, ובין לשכותיהם, עכורה ומורכבת ככל שתהיה, לא יכולה לשמש צידוק להתנהלות הפסולה של איסוף המידע אודות השר ברק וסביבתו על ידי עוזר הרמטכ"ל דאז, אלוף-משנה וינר, בידיעה - ולו חלקית - של הרמטכ"ל דאז, רא"ל (מיל') אשכנזי, וכן להתנהלותם של הרמטכ"ל דאז ועוזרו בקשר למסמך הרפז כפי שתוארו בדו"ח זה. גם העובדה שנמצאו פגמים בהתנהלות השר ברק כלפי הרמטכ"ל דאז, לא היה בה כדי להוות עילה ולהצדיק התנהלות כאמור של הדרג הצבאי כלפי הדרג המדיני הנבחר".
לפני כשמונה חודשים פנה מבקר המדינה הקודם, מיכה לינדנשטראוס, אל היועץ משפטי בבקשה שיפתח בחקירה פלילית נגד חלק מהמעורבים בפרשה, זאת לאחר שלטענתו לא היו בידיו הכלים הנכונים לבחון חלק מהטענות שעלו במהלך הבדיקה. לינדנשטראוס אף העלה את האפשרות לדחות את הגשת הדו"ח כדי להעביר את החקירה לידיו של וינשטיין דבר שגרם למתיחות בין השניים לאור העבודה שלינדנשטראוס טען שכבר חודשים קודם לכן עלו חשדות לפלילים והדבר הועבר לידיעתו של וינשטיין. מנגד, וינשטיין סבר כי אין מקום לעכב את מועד פרסום הדו"ח. וינשטיין גם טען כי לינדנשטראוס "טועה ומטעה" כשהוא טוען שישנם היבטים פליליים בפרשה בפני הפרקליטות. מאז, כאמור, נמצא התיק בפרקליטות ולא התקבלה החלטה אם לפתוח בחקירה פלילית.
"תכליתה העיקרית של הביקורת היא להפיק לקחים לעתיד, ולמנוע חזרה על כשלים ומחדלים", מסביר המבקר. "אסור שבמדינת ישראל, שבה המערכת הביטחונית היא גם מהות קיומית וגם אתוס, יתערער האמון בראשי מערכת הביטחון בשל מסכת יחסים בלתי נסבלת עד כדי איבה וחוסר אמון ביניהם, ושהאחריות האישית והשכל הישר לא יגברו על מכשלה זו".