כוחות משטרת מחוז ש"י הגיעו מוקדם יותר (שישי) לבית הכנסת העתיק בנערן, ולדבריהם, לא הבחינו בכתובות במקום, או בצלבי קרס שרוססו בפסיפס בית הכנסת. בעקבות כך הוציאה המשטרה הודעה רשמית לפיה לא נמצאו סימנים להשחתת בית הכנסת. ד"ר יואל אליצור, שהתפלל במקום הבוקר ודיווח על האירועים, אמר בתגובה כי כתובות הגרפיטי שעל הפסיפס כוסו על ידי המתפללים בחול, ואילו כתובת אחרת שהייתה על קיר סמוך נמחקה על ידם. "אני מוכן ללוות באופן אישי את מפקדי המשטרה על מנת להראות להם את כתובות הגרפיטי ואת הנזק שנגרם לפסיפס העתיק".