ב-7 ביוני 1981 הורה בגין על הפצצת הכור הגרעיני בעירק. מערכת הבחירות של אותה שנה היתה אמוציונלית, ובבחירות שנערכו ב-30 ביוני 1981 קיבל הליכוד 48 מנדטים, מנדט אחד יותר מהמערך. ב-1982 יזמה ממשלת הליכוד את מבצע שלום הגליל, לטיהור דרום לבנון מקיני מחבלים. המבצע, שהתרחב למלחמת לבנון, גרם לתסיסה בישראל ולזעם רב בקרב מפלגות השמאל שראו במלחמה "מלחמת ברירה".
בפברואר 1983 התפטר שר הביטחון אריאל שרון ממשרד הביטחון, בעקבות פירסום מסקנות ועדת כהן, שחקרה את נסיבות הטבח במחנות הפליטים סברה ושתילה. הוועדה מצאה את שרון אחראי לטבח, בכך שהתעלם מהתרעות מודיעיניות בנושא.
בספטמבר 1983 הודיע בגין במפתיע על פרישתו מהחיים הציבוריים, בטיעון של מצב בריאותי לקוי, בהסבר שהפך לציטוט מפורסם כי "אינני יכול עוד". פרשנים תלו את הסיבות האמיתיות לפרישתו בייסורים שחש בשל המחיר שגבתה מלחמת לבנון. אחרים טענו כי מותה של אשתו האהובה עליזה, שנה לפני כן, הוא שגרם לו לפרוש מהתפקיד הקשה. מאז ועד מותו במארס 1992 הסתגר בגין בביתו וסירב לשוחח עם גורמי תקשורת. התעלומה סביב פרישתו עדיין לא נפתרה.
בעקבות פרישתו של בגין, מונה שר החוץ יצחק שמיר ליו"ר הליכוד וראש הממשלה.