חבר כנסת מטעם הליכוד.
איתן נבחר לראשונה לכנסת ה-11 בשנת 1984 ומאז הוא מכהן בה ברציפות.
בכנסת ה-13 (1992-1996) שימש כממלא מקום יו"ר סיעת הליכוד. ביולי 1997 מונה איתן לתפקיד שר המדע והטכנולוגיה בממשלתו של בנימין נתניהו. לאחר שנה סיים את תפקידו, במסגרת הסכם רוטציה עם סילבן שלום.