ארגון הג'יהאד האיסלמי מאשים את שליט לוב מועמר קדאפי בכך שסייע למוסד הישראלי לחסל באי מלטה בשנת 95' את מייסד הארגון ומנהיגו המיתולוגי, ד"ר פתחי שקאקי. אתר החדשות הערבי "קודס-פרס" ציטט הבוקר (ראשון) בכיר בג'יהאד באמרו כי ביקורו של שקאקי במלטה היה חשאי ביותר ואחד האנשים היחידים בעולם שידעו עליו היה קדאפי.