הרב עובדיה נחלץ להגנתו של יו"ר ש"ס השר אלי ישי בעקבות אסון הכרמל, הביקרות הציבורית שנשמעת כלפיו ודו"ח מבקר המדינה בעניין שירותי הכבאות. בסיום דרשתו השבועית שנמסרה הערב (שבת) בבית הכנסת הסמוך לביתו, יצא מנהיגה הרוחני של ש"ס להגנתו של ישי, וכינה אותו "שליח הציבור הנאמן שלנו, רבי אליהו ישי, העושה ככל יכולתו בכדי להגדיל תורה ולהאדירה". הרב עובדיה ערך לישי ברכה מיוחדת בכדי שינצל מכל מי ש"עושים עליו עלילות ברשע", וברכו בפסוק "ויכחשו אויבך לך ואתה על במותינו תדרוך", הברכה בה ברך משה את עם ישראל לפני מותו.
כמו כן, לאחר שעורר בשבוע שעבר סערה ברמזו כי השריפה בכרמל אירעה בגלל חילול שבת, הקדיש הרב עובדיה ברכה מיוחדת לפצועי השריפה, וברכם בברכת "מי שברך" המסורתית. הרב עובדיה אף ערך טקס "אשכבה" קצר ל"הרוגים שנספו ונשרפו בשריפה". את התפילה המיוחדת הקדיש הרב ל"עילוי נשמתם" של הרוגי השריפה.
לפני שבוע עורר הרב עובדיה יוסף את זעמם של רבים כאשר התייחס לשריפה בכרמל, וקשר בינה ובין חילול שבת. "אין הדליקה מצויה אלא במקום שיש חילול שבת", ציטט הרב את התלמוד במהלך שיעורו בבית הכנסת הסמוך לביתו בשכונת הר-נוף בירושלים. "בתים נהרסו, שכונות שלמות הלכו לאיבוד - זה לא במקרה. הכל זה השגחה עליונה", אמר הרב. "עלינו לחזור בתשובה, לשמור את השבת כמו שצריך. בזמן שבני ישראל חוזרים בתשובה, השם שומר עליהם בחומת אש. אש של כבוד ולא אש של שריפה", הוסיף מנהיגה הרוחני של ש"ס.