ראש הממשלה בנימין נתניהו העיד הבוקר (שני) בפני ועדת טירקל לבדיקת אירועי המשט לעזה. לדבריו, "מסוף אפריל התקבל מידע לגבי המשט, והובן שמדובר במספר ספינות וכן בספינה טורקית גדולה של ארגון טורקי רדיקלי. כוונתם הייתה לפרוץ את הסגר בעזרת פרובוקציה ולהגיע לחיכוך מתוקשר עם צה"ל, ובכך לגרום ללחץ בינ"ל להסרת הסגר על עזה". בתשובה לשאלת חברי הוועדה האם צה"ל נשאר כגורם המטפל האחראי בהעדרו, אמר נתניהו: "הנחתי שמי שאחראי על הטיפול במשט על כל היבטיו יהיה שר הביטחון, שירכז את הנושא ויפעיל את שרי השביעייה ואת נושא ההסברה. הוא היה אחראי לניקוז כלל הנושאים".