באגודה לזכויות האזרח הביעו הערב (שני) זעזוע מאירועי ההשתלטות הצבאית על משט הספינות לעזה, וקראו לחקירה עצמאית של האירוע. "אסור היה שמשט שתכליתו המוצהרת העברת ציוד הומניטרי ומחאה כנגד המצור המוטל ע"י ישראל על רצועת עזה, יסתיים בהריגתם ופציעתם של עשרות ממשתתפי המשט", אמרו באגודה. לדברי חגי אלעד, מנכ"ל האגודה לזכויות האזרח, "אותה התנהלות כוחנית שכופה על מיליון וחצי תושבי עזה מצור מזה ארבע שנים, היא גם זו שהביאה לפעולה הצבאית שהסתיימה בפצועים והרוגים. בנסיבות אלו, יש הכרח לקיים חקירה מיידית על ידי גורם עצמאי של האירועים והשתלשלותם".