ראש הממשלה בנימין נתניהו שוחח הצהריים (שני) טלפונית עם השרים והגורמים הביטחוניים הרלוונטיים ושמע עדכונים על הפעולה בים והמצב הנוכחי, כך נמסר מלשכת ראש הממשלה. בשיחותיו עם שר הביטחון אהוד ברק, שר החוץ אביגדור ליברמן, המשנה לראש הממשלה משה יעלון, השר לביטחון פנים יצחק אהרונוביץ', הרמטכ"ל אבי אשכנזי, ראש השב"כ יובל דיסקין וראש המוסד מאיר דגן נתן ראש הממשלה הנחיות בתחומים הביטחוניים, המדיניים וההסברתיים, הודיע על גיבוי מלא לצה"ל והתעניין בשלומם של הפצועים.